20世纪80年代初，为推动我国科技体制改革，改革当时的科研经费拨款方式，89位中国科学院学部委员（现在称为院士）致函党中央、国务院，建议设立面向全国的自然科学基金，该建议得到党中央、国务院的批准。1982年中国科学院自然科学基金正式启动。1985年3月，中共中央关于科学技术体制改革的决定指出，要“对基础研究和部分应用研究逐步试行科学基金制，主要从事基础研究和应用基础研究的机构，应力争几年之后做到科研经费主要靠申请基金”。在邓小平同志的亲切关怀下，国务院于1986年2月批准成立国家自然科学基金委员会。